Die Geschichte des Hauses geht zurück auf Antonia Werr – die Gründerin der Kongregation der Oberzeller Franziskanerinnen. Sie wird beschrieben als mutige und barmherzige Frau. Auch heute noch leben und arbeiten die Ordensfrauen und Mitarbeiterinnen nach ihrem Vorbild.
1975 wurde das Haus als Mädchenheim gegründet. Ab 1989 konzentrierte man sich wieder auf die eigentliche Grundidee der Antonia Werr. Seither gliedert sich die Notunterkunft in verschiedene Bereiche. Das Antonia Werr Haus ist eine Anlaufstation für Frauen, die in den verschiedensten Krisen stecken. Mit einem Frauenhaus ist die Unterkunft jedoch nicht zu vergleichen.
Damit die Notunterkunft noch wohnungsgerechter wird und für mehr Frauen Platz bieten kann, wird sie seit November 2019 saniert. Die Kosten der Sanierung belaufen sich auf rund fünf Millionen Euro. Ohne Sponsoren wäre eine Sanierung kaum möglich gewesen. Während der Sanierung lief der Betrieb in einem anderen Haus reibungslos weiter. Im Spätherbst 2021 soll das sanierte Haus Antonia Werr dann wieder einzugsbereit sein – mit mehr Platz und erneuertem Angebot für psychisch erkrankte Frauen.