Der ökologische Zustand fast aller Fluss- und Bachabschnitte in Unterfranken ist – Schlecht. Laut der bayerischen Staatsregierung entsprechen nur vier von 93 Flusswasserkörpern der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie. Diese wurde bereits im Jahr 2000 verabschiedet und besagt, dass alle Gewässer in der europäischen Union bis 2015, spätestens aber bis 2027 in einen guten chemischen und ökologischen Zustand versetzt werden sollen. Unterfranken ist an diesem Ziel meilenweit vorgeschrammt, denn einige Fließgewässer werden diesen Zustand wohl nicht vor dem Jahr 2045 erreichen. Grünen-Politiker Patrick Friedl sieht deshalb Strafzahlungen auf Deutschland zukommen. Ob die Gewässer gesund sind, wird unter anderem anhand der Flora und Fauna sowie dem Grad der Verschmutzung festgestellt.